У истоков создания факультета стояли академики РАН Людмила Николаевна Иванова, Дмитрий Георгиевич Кнорре и Валентин Викторович Власов. В основе принципов организации факультета лежит подход, который сочетает полноценное медицинское образование с целостным естественно-научным образованием и ранним привлечением студентов к научной работе.
Выпускники, желающие продолжить карьеру в практической медицине, были принимаются в интернатуру и клиническую ординатуру медицинских учреждений города и области. В 2010 году на базе факультета создан Центр постдипломного медицинского образования. А спустя год НГУ получил государственную лицензию на осуществление постдипломного медицинского образования в интернатуре и ординатуре по ключевым специальностям (хирургия, акушерство и гинекология, дерматовенерология, терапия, онкология и т.д.). И теперь студенты факультета могут закончить все ступени обучения в родном университете.
Основной идеей при создании МедФ стало то, что факультет должен готовить высококвалифицированных врачей-исследователей, имеющих не только клиническую подготовку, но и необходимые экспериментальные навыки и соответствующие естественно-научные знания для научных исследований. На МедФ НГУ осуществляется интеграция академической науки и высшей школы. Это стало возможным благодаря тому, что базами для проведения занятий и исследований, а также изучения клинических дисциплин стали ведущие научно-исследовательские институты СО РАМН, СО РАН и многопрофильные учреждения здравоохранения Новосибирска.
